该《办法》明确了乡镇卫生院在疾病预防控制、妇幼保健、公共卫生等方面的职责，明确其做好常见病和多发病的诊治、急症抢救、危重病人转诊、救灾抢险等医疗工作；要求乡镇卫生院按照核准的诊疗科目执业，禁止超诊疗科目、执业范围从事诊疗活动。该办法同时规定乡镇卫生院应当设立中医门诊、设置中药

该《办法》明确规定，乡镇卫生院不得举债建设，不得发生融资租赁行为。县级政府应当按照国家规定核定并保障乡镇卫生院的基本建设、设备购置、人员和公共卫生服务等所需经费，县级以上政府应当对乡镇卫生院医疗设备购置给予补助，严格执行国家财务、会计和审计监督等相关法律法规制度，严禁设立账外账、“小金库”，以及出租、承包内部科室，严格执行药品和医疗服务价格政策，向社会公示医疗服务收费标准和药品价格。严格执行医疗保障制度相关政策。落实公示和告知制度。

《办法》规定，将对乡镇卫生院实行包括行风建设、业务工作、内部管理和社会效益等为主要考核内容的综合目标管理。根据管理绩效、基本医疗和公共卫生服务的数量和质量、服务对象满意度、居民健康状况改善等指标对乡镇卫生院进行综合量化考核，考核结果将与政府经费补助以及乡镇卫生院院长的年度考核和任免挂钩。乡镇卫生院必须建立以岗位责任和绩效为基础、以服务数量和质量以及服务对象满意度为核心的工作人员考核和激励制度，将根据专业技术、管理、工勤技能等岗位的不同特点，按照不同岗位所承担的职责、任务及创造的社会效益等情况对职工进行绩效考核，并将考核结果作为发放绩效工资、调整岗位、解聘续聘等的依据。在绩效工资分配中，坚持多劳多得、优绩优酬，重点向全科医生等关键岗位、业务骨干和作出突出贡献的工作人员倾斜，适当拉开收入差距。